筋肉を増やしたいのですが、筋トレ→プロテイン→有酸素運動の順番で行うと効果的ですか？

プロテインは目的によって飲み分ける

よく「プロテインは筋トレ直後に飲むのがベスト」や「30～60分以内がゴールデンタイム」と言われています。

しかし、最近の研究では、プロテインの飲むタイミングで以下のように、「筋肉量・体脂肪・体重」に影響が出ることがわかりました。
引用文献：『Effects of protein supplements consumed with meals, versus between meals, on resistance training–induced body composition changes in adults: a systematic review』

この結果から言えることは、必ずしもプロテインを飲むタイミングが「筋トレ直後ではない」なく、目的によって飲むタイミングを変えることが重要だとわかります。

あなたにとって適切なタイミングは？

ご質問内容に、「ダイエット終了直後」「食事を少しずつ戻して代謝を上げるために身体を作っていきたい」とあるので、もしかするとプロティンを飲むことによって体重が増加し、リバウンドにつながる可能性があります。

その点から考えると、まずは食事と一緒にプロテインを飲まれた方が安全ではないかと考えます。

どちらがいいのかは、実際にプロテインを摂取してみて、経過を再評価するのがいいでしょう。